Anualmente se confecciona un plan de capacitación por cada una de las entidades subordinadas, a partir de las necesidades de aprendizaje y del diagnóstico elaborado por cada uno de ellos, lo que permite dar respuesta en gran medida a las mismas.

Además se cuenta con 2 centros nacionales de superación profesional y capacitación que son el "Faustino Pérez Hernández", situado en el municipio de Santa Clara en la zona central, y el "Máximo Gómez Báez" ubicado en la zona oriental. Los dos centros dan respuestas positivas a las necesidades más complejas de la capacitación de profesionales y técnicos.

La capacitación profesional y técnica se ha dirigido a dar respuesta a los objetivos del INRH con el propósito de elevar la cifra de profesionales con categorías de Master y Diplomados en las especialidades afines a ellos, así como elevar los conocimientos del resto de los técnicos y trabajadores en el uso de la tecnología y medios que se utilizan.

La superación y preparación de los cuadros y sus reservas constituye también un objetivo fundamental y representa una vía de gran valor para elevar el conocimientos y la información de quienes tienen ante sí tareas y misiones complejas con vista a que estén en condiciones de darle cumplimiento eficaz a los objetivos estratégicos aprobados a corto y mediano plazo por el INRH. En relación a la preparación para el trabajo de dirección, ésta se ha dirigido a elevar los conocimientos sobre la Dirección por Objetivos, Dirección Integrada de Proyectos y sobre el Perfeccionamiento Empresarial.

Se mantiene una estrecha vinculación con las Universidades del país que también constituyen un soporte importante en la capacitación de los profesionales del INRH. Fundamentalmente existen convenios y relaciones con el Centro de Ingeniería Hidráulica (CIH) del Instituto Superior Politécnico “José Antonio Echevarría” (ISPJAE) y la Facultad de Ingeniería Hidráulica de la Universidad de Oriente, los cuales imparten la carrera de Ingeniería Hidráulica en el país y la enseñanza de posgrados.

La preparación de los técnicos de nivel medio se realiza en el Politécnico “José Martí”, ubicado en Ciudad de la Habana, en el cual se imparten diferentes especialidades de la rama Hidráulica y que constituyen una importante cantera en el completamiento de la fuerza técnica del INRH.